В департаменте отмечают, что за годы реализации областной политики развития предпринимательства создана целая инфраструктура поддержки малого и среднего бизнеса. Действуют производственные и инновационные бизнес-инкубаторы: всего 12, из них 4 — в муниципальных образованиях. Ведет деятельность Гарантийный фонд Томской области, оказывающий дополнительную финансовую помощь малым и средним предприятиям. Консультационную помощь и содействие в разработке и подготовке бизнес-планов для начинающих предпринимателей оказывает областной фонд поддержки предпринимательства и 23 муниципальных центра поддержки предпринимательства. Действуют механизмы поддержки «стартующего» малого бизнеса, развития молодежного предпринимательства, поддержки малых экспортоориентированных предприятий.

Кроме этого, Томская область стала одним из первых российских регионов, где был создан ЕвроИнфоЦентр, ориентированный на предоставление бесплатной информационно-консультационной поддержки и содействие малым и средним предприятиям России и стран Евросоюза, которые заинтересованы в установлении и развитии взаимовыгодного делового сотрудничества.