Пунктом 10 ст. 89 НК РФ установлено, в каких случаях может быть назначена повторная выездная проверка. Одним из оснований является подача налогоплательщиком уточненной декларации, в которой указана меньшая сумма налога, чем было заявлено ранее (абз. 6 п. 10 ст. 89 НК РФ). В указанной ситуации проверка назначается в отношении того периода, за который представлена корректирующая отчетность.

При применении данной нормы на практике возникают затруднения в тех случаях, когда уточненная декларация подается за период, который предшествует трем годам, предшествующим году назначения повторной выездной проверки. Напомним, что в соответствии с абз. 3 п. 10 ст. 89 НК РФ при проведении повторной выездной проверки может быть проверен период не более трех календарных лет, предшествующих году, в котором назначена такая проверка.

В комментируемом Письме Минфин России разъяснил, что в случае подачи уточненной декларации проверка может охватывать период, превышающий три календарных года, предшествующих году, в котором вынесено соответствующее решение. Как отметило ведомство, Налоговый кодекс РФ не устанавливает срока для назначения повторной выездной проверки в случае подачи уточненной декларации, в которой указана меньшая сумма налога по сравнению с ранее заявленной. Есть судебные решения, согласно которым правила абз. 6 п. 10 ст. 89 НК РФ являются исключением из общего правила абз. 3 п. 10 ст. 89 НК РФ, устанавливающего предельный период, за который может быть назначена повторная проверка (см. Постановление ФАС Западно-Сибирского округа от 19.03.2013 N А27-14195/2012).

Следует также обратить внимание на Постановление Восемнадцатого арбитражного апелляционного суда от 28.11.2012 N 18АП-10607/2012 и Постановление Третьего арбитражного апелляционного суда от 27.02.2013 N А33-486/2012. В них суды обосновали свой вывод о том, что инспекция вправе назначить повторную выездную проверку в отношении периода, за который представлена уточненная декларация с меньшей суммой налога к уплате, даже если он предшествует трехлетнему периоду, сославшись, в частности, на абз. 3 п. 4 ст. 89 НК РФ. Напомним, что в силу указанного положения в случае подачи уточенной декларации в рамках соответствующей выездной проверки проверяется период, за который представлена корректирующая отчетность. Таким образом, суды пришли к тому же выводу, что и Минфин России, исходя из толкования положений абз. 6 п. 10 и абз. 3 п. 4 ст. 89 НК РФ в совокупности. Аналогичные разъяснения содержатся в Письме ФНС России от 03.09.2010 N АС-37-2/10613@.